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扣繳申報，可以切割成：扣、繳、申報三個程序，當給付金額超過法定門檻以上，給付方(給錢的組織)，即有依法從給付給所得者的金額之中，代扣稅款並代為繳納給政府的責任，同時，亦肩負起將相關資訊通知主管機關的義務，因此，給付方又稱為扣繳義務人。
然而，在不同的聘僱態樣之下，針對境內居住民員工、非境內居住民員工的薪資扣繳，都有不一樣的處理方式；是故，薪資扣繳，可以說是扣繳程序當中，相對最為複雜的程序之一，以境內居住民為例，正職員工、兼職員工的薪資扣繳，亦有著不一樣的差異。

一、境內居住民的正職員工
(一)固定薪資
固定薪資，除了本俸之外，不論薪資明細為何，只要是常態固定給付的，都應算入固定薪資當中，包含：通勤津貼、通訊津貼、各項補助...等。而固定薪資的扣繳方式，又分為以下兩種：
1.按薪資所得扣繳稅額表查表
當員工簽署『免稅額申報表』時，按『薪資所得扣繳稅額表』所載金額，查表扣繳稅款，其最低起扣門檻為NTD84,500。
2.超過四萬即扣繳5%稅款
當員工未簽署『免稅額申報表』時，每月固定薪資超過NTD40,000，即扣繳5%稅款。

(二)非固定薪資
非固定給付的薪資，例如：業績獎金、三節獎金、員工分紅...等，單次給付超過
『薪資所得扣繳稅額表』最低起扣門檻NTD84,500，即扣繳5%。
若非固定薪資的給付，年度累計超過健保投保薪資的四倍以上，則給付方有義務再代為多扣一筆二代健保的補充保費，並代為繳納給健保局。

二、境內居住民的兼職員工
單次給付超過『薪資所得扣繳稅額表』最低起扣門檻NTD84,500，即扣繳5%。
若兼職所得超過基本工資的話，給付方有義務再代為多扣一筆二代健保的補充保費，並代繳給健保局。

三、程序
1.扣：給付當下。
2-1.繳稅款：給付後的次月，10日之前。
2-2.繳二代健保(若適用)：給付後的次月，月底之前。
3.申報(扣繳與二代健保)：給付後的次年，一月底之前。

參考資料：
翰鼎會計記帳士事務所 (www.unicore.url.rw)